Das Saunieren soll vor allem der Abhärtung gegen Erkältungskrankheiten dienen und kann auch bei einigen Erkrankungen als therapeutische Anwendung genutzt werden, beispielsweise bei Störungen des vegetativen Nervensystems.

Die Erhöhung der Körpertemperatur auf bis zu 39°C während der Schwitzphase (künstliches Fieber) bewirkt innerhalb des Körpers dasselbe, was auch ein echtes Fieber bewirkt, nämlich eine Zerstörung von Krankheitserregern durch erhöhte Temperatur.

Die Abfolge von Hitze mit der anschließenden kalten Dusche entspannt die Muskulatur und hat neben einigen physiologischen Effekten wie der Senkung des Blutdrucks, Anregung des Kreislaufs, des Stoffwechsels, des Immunsystems und der Atmung vor allem auch eine wohltuende Auswirkung auf das subjektive Wohlbefinden.

Saunabaden dient auch der Hautpflege und verlangsamt die Hautalterung; unmittelbar nach dem Betreten des Saunaraumes reagiert die Haut, die Blutgefäße weiten sich, die Durchblutung nimmt zu und die Oberflächentemperatur steigt nach etwa 15-minütigem Aufenthalt auf 40-42°C an; in der Abkühlphase verengen sich die Blutgefäße dann wieder durch Kaltwasseranwendungen (Gefäßtraining).

Das Schwitzen sowie die wiederholten Wasseranwendungen bewirken außerdem eine sehr gründliche, aber schonende Körperreinigung; die oberste Hornschicht der Haut quillt auf, verhornte Hautzellen lockern sich und können leicht abgespült werden. Bei sehr trockener Haut wird die Struktur durch Aktivierung der Schweißdrüsen und Wassereinlagerungen in die Hornschicht verbessert.

Menschen mit Entzündungen, mit akuten Infektionskrankheiten, mit Herz-Kreislauf-Krankheiten, mit Venenthrombosen oder Krampfaderleiden wird im Allgemeinen vom Besuch einer Sauna abgeraten.